深圳国际海运物流的收费是一个复杂而多层次的系统，确实受到多个因素的影响。以下是一些关键因素，值得在考虑收费时进行参考：

1.海运集装箱的类型： 不同类型的集装箱有不同的运输成本。冷冻柜、普通柜型等，根据货物的性质和要求选择不同的集装箱类型可能导致不同的费用水平。

2.启运港与目的港： 海运费用受到货物从启运港到目的港的距离和运输通道的影响。不同的港口之间可能存在运输费用的差异，而且不同的目的地可能需要不同的运输线路，进而影响到整体费用。

3.合约模式： 不同的合约模式会对费用产生影响。FOB（离岸价）和CIF（成本、保险费加运费）是两种常见的合约条款，它们涉及到责任、保险和费用的划分，直接影响到最终的运输成本。

4.货物的性质和特殊要求： 特殊性质的货物，如易腐食品或者需要特殊条件的货物，可能需要更高级别的服务和更严格的控制，从而导致额外的费用。

5.市场供求状况： 海运市场的供求状况也会对价格产生影响。高需求时，价格可能上升；而低需求时，价格可能下降。因此，时机也是一个需要考虑的因素。

6.附加服务和保险： 一些额外的服务，如货物保险、仓储服务等，可能会增加总体费用。考虑到货物的安全和保障，有时候选择额外的服务也是值得的。

在选择深圳国际海运物流公司时，除了关注以上因素外，与物流公司充分沟通也是非常重要的。了解其具体收费项目、费用结构以及是否有隐藏费用，以避免不必要的经济压力。选择合适的海运物流公司需要全面考虑这些因素，以确保更好的服务和费用效益。